Стивън Фрай е номиниран за почетен водач от Майтрея Раел, на 11 март 2016 г. Фрай е атеист, хуманист и харесва древногръцката вяра в множество богове. Фрай многократно е изразявал противопоставяне на организираната религия и е предупреждавал за това как „жестоката, лицемерна и безлюбовна ръка на религията и абсолютизма отново е паднала върху света“. През 2009 г. той участва в дебат „Intelligence Squared“, където твърди, че католическата църква е причинила повече вреда, отколкото полза. Изтънчената, но силна позиция на Фрай срещу католическата църква внушава уважение.
Изказването му за Католическата църква